북송(北宋) 초 화재로 불타 사라졌다가 송(宋)대 단공(端拱)2년(989년)에 중건되면서 정혜사(淨慧寺)로 명칭을 바꾸었고 원나라(1100년)때에 유명한 문학가 이면서 서예가이기도 했던 소동파(蘇東坡)가 이곳에 유람을 왔다가 절 안에 오래된 용(榕)나무 6그루를 보고 육용(六榕)이란 글자를 새겼고, 그때부터 점차 육용사라고 불리워지기 시작했다. 절 내에는 우뚝 솟은 천불보탑(千佛寶塔)이 있는데 원명은 사리탑(舍利塔)으로 광주의 유명한 고대 고층 건축물이다. 탑 동쪽으로는 산 입구와 미륵전, 천왕전, 위타전이 있으며, 탑의 서쪽으로는 장엄하면서도 화려한 대웅전이 있다.

청(清)대 강희(康熙) 2년(1663년)에 황동으로 주조한 삼존대불상이 대웅전에 모셔져 있으며, 이 삼존대불상은 청동으로 만들어진 것으로는 광동성에서 현존하는 가장 오래된 불상이다. 절 내의 용음원(榕蔭園)내의 육조당(六祖堂)에는 선종의 6대 창시자인 혜능(慧能)의 동상이 모셔져 있다. 혜능은 당대(唐代)의 걸출한 고승으로 5대 창시자인 홍인(弘忍)의 설법을 따르다 후에 남종학파를 창시했다. 이 동상은 북송(989년)때 높이 1.8미터에 1톤의 무게로 만들어 졌다. 이 밖에도 육조당 앞에는 오래된 용나무들의 녹음이 짙으며 소동파가 쓴 “정도가(證道歌)”를 새겨 놓은 비석이 눈에 뛴다.